日本有《食品卫生法》、《日本药事法》、《日本渔用药物使用指南》等对食品的安全性进行管理，厚生大臣从公众卫生的观点出发，可以制定供销售食品或添加剂的生产、加工、使用、烹调及保存方法的标准，以及供销售食品或添加剂的成分规格。
根据上述规定制订了标准或规格后，即不得以不符合标准的方法生产、加工、使用、烹调或保存食品或使用添加剂。不得销售或进口以不符合标准的方法生产、加工的食品或添加剂。亦不得生产、进口、加工、使用、烹调、保存或销售不符合其规格的食品或添加剂。
日本是我国最大的水产品出口市场，近年来对水产品的质量安全要求日益严格。在2002年9月出台的《食品卫生法》中强化了农产品检查体制和对进口商的责任，除进口商要对进口农产品把关外，还设立了公益法人，由政府和民间机构参与，一旦发现问题，进口商不但遭受损失，还要被处以6个月以下的有期徒刑或30万日元以下的罚款。另外，进口商在进口水产品时须由政府授权并经厚生省认证的57个检验机构中的一个或几个实施包括微生物、农兽药残留成分及大肠杆菌等方面共30个项目的检测，检验合格后才能通关。
日本对所有向日本出口鳗类产品的企业实施卫生注册制度，即对加工企业的加工工序和产品卫生质量进行审核认证，只有取得认证的企业，才能进入日本市场，注册有效期为三年。2003年7月，日本厚生省做出对从中国进口的鳗鱼批批实施“恩诺沙星”残留检验的决定。2005年7月，开始对进口鳗鱼等养殖产品进行“孔雀石绿”残留监视检查。
2006年5月29日，日本正式实施针对进口农产品的食品准入新制度——食品中残留农业化学品肯定列表制度（Positive List System），对所有农业化学品在食品和农产品中的残留量都作了规定，新标准主要分“暂定标准”和“一律标准”两种。其中“暂定标准”共涉及农药、兽药和饲料添加剂734种，涵盖了264种（类）食品，暂定限量标准51392条；“一律标准”则对“暂定标准”未涵盖的其他所有农业化学品或农产品制定了一个统一限量标准，即0.01ppm。此外，还规定15种农业化学品不得在任何食品中检出；8种农业化学品在部分食品中不得检出。从水产品来看，列表规定的限量标准达540项，45项和我国标准一致，占8.3%；16项严于我国标准，占3%；471项我国尚无限量标准。其中，对海水产品规定了敌百虫等44种农药的残留限量，其中6种药物的限量规定为“不得检出”；对鳗鱼产品设立了68种农兽药限量，其中59种药品为中国无限量，另外2种严于中国；而对其他鱼类，也列出了69种农药和兽药限量，其中57种药品为中国没有限量，另有4种比中国原有限量更严。相比日本原来实施的食品准入制度，“肯定列表”对食品、农产品中残留农业化学品限量标准大幅度提高，使我国海水产品进入日本市场的门槛大大提高。
